Everything


All Classes

src.factories.ForceFactory.ForceFactory
src.factories.PropagatorFactory.PropagatorFactory
src.forces.ElectrostaticForce.ElectrostaticForce
src.forces.HDForce.HDForce
src.forces.HDForce_smart.HDForce
src.propagators.classes.BBKMDL.BBKMDL
src.propagators.classes.HMC.HMC
src.propagators.classes.ImpulseMDL.ImpulseMDL
src.propagators.classes.LeapfrogMDL.LeapfrogMDL
src.propagators.classes.MTS.MOLLY
src.propagators.classes.MTS.MTS
src.propagators.classes.NosePoincGL.NosePoincGL
src.propagators.classes.RMT.RMT
src.propagators.classes.STS.STS
src.toplevel.Energies.Energies
src.toplevel.FTSM.SplineInterpolator
src.toplevel.ForceField.ForceField
src.toplevel.Forces.Forces
src.toplevel.IO.IO
src.toplevel.Physical.Angle
src.toplevel.Physical.Atom
src.toplevel.Physical.Bond
src.toplevel.Physical.Dihedral
src.toplevel.Physical.HAcceptor
src.toplevel.Physical.HDonor
src.toplevel.Physical.Improper
src.toplevel.Physical.Physical
src.toplevel.Propagator.Propagator
src.toplevel.PropagatorT.PropagatorFactory

All Functions

src.factories.PropagatorFactory._get_mod
src.factories.PropagatorFactory.executePropagator
src.factories.PropagatorFactory.setPropagator
src.forces.ElectrostaticForce.norm
src.forces.ElectrostaticForce.norm2
src.forces.HDForce.norm
src.forces.HDForce.norm2
src.forces.HDForce_smart.norm
src.forces.HDForce_smart.norm2
src.modifiers.friction.friction
src.propagators.functions.bbk.bbk
src.propagators.functions.equilibrate.equilibrate
src.propagators.functions.impulse.impulse
src.propagators.functions.leapfrog.leapfrog
src.propagators.functions.takahashi.takahashi
src.propagators.functions.velocityscale.velocityscale
src.toplevel.Constants.aaTom
src.toplevel.Constants.amuToKg
src.toplevel.Constants.avogadro
src.toplevel.Constants.boltzmann
src.toplevel.Constants.coulombFactor
src.toplevel.Constants.electronCharge
src.toplevel.Constants.epsilon
src.toplevel.Constants.fsTime
src.toplevel.Constants.invTimeFactor
src.toplevel.Constants.kcalToJoule
src.toplevel.Constants.pdbVelScalingFactor
src.toplevel.Constants.periodicBoundaryTolerance
src.toplevel.Constants.pressureFactor
src.toplevel.Constants.siBoltzmann
src.toplevel.Constants.sqrtCoulombConstant
src.toplevel.Constants.timeFactor
src.toplevel.Constants.tiny
src.toplevel.FTSM.L
src.toplevel.FTSM.M
src.toplevel.FTSM.circshift
src.toplevel.FTSM.cumsum
src.toplevel.FTSM.extractPhi
src.toplevel.FTSM.extractPsi
src.toplevel.FTSM.l
src.toplevel.FTSM.linspace
src.toplevel.FTSM.norm
src.toplevel.FTSM.norm2
src.toplevel.FTSM.q
src.toplevel.FTSM.reparam
src.toplevel.FTSM.setConstraint
src.toplevel.FTSM.switchPhiPsi
src.toplevel.Physical.deepcopy
src.toplevel.PropagatorT._get_mod
src.toplevel.PropagatorT.executePropagator
src.toplevel.PropagatorT.setPropagator

All Variables

src.__package__
src.factories.PropagatorFactory.propFactory
src.factories.__package__
src.forces.__package__
src.modifiers.__package__
src.propagators.__package__
src.propagators.classes.BBKMDL.name
src.propagators.classes.BBKMDL.parameters
src.propagators.classes.HMC.name
src.propagators.classes.HMC.parameters
src.propagators.classes.ImpulseMDL.name
src.propagators.classes.ImpulseMDL.parameters
src.propagators.classes.LeapfrogMDL.name
src.propagators.classes.LeapfrogMDL.parameters
src.propagators.classes.NosePoincGL.name
src.propagators.classes.NosePoincGL.parameters
src.propagators.classes.RMT.name
src.propagators.classes.RMT.parameters
src.propagators.classes.__package__
src.propagators.functions.__package__
src.propagators.functions.bbk.name
src.propagators.functions.bbk.parameters
src.propagators.functions.equilibrate.name
src.propagators.functions.equilibrate.parameters
src.propagators.functions.impulse.name
src.propagators.functions.impulse.parameters
src.propagators.functions.leapfrog.name
src.propagators.functions.leapfrog.parameters
src.propagators.functions.takahashi.name
src.propagators.functions.takahashi.parameters
src.propagators.functions.velocityscale.name
src.propagators.functions.velocityscale.parameters
src.toplevel.Constants.__package__
src.toplevel.__package__

[hide private]